Contrairement à Pompéi, toutefois, Herculanum ne fut pas submergée par des cendres et des lapilli mais par un véritable fleuve de boue qui dévasta les rues et les édifices de la ville. À la longue, le dessèchement et la solidification des détritus boueux endommagèrent sérieusement la maçonnerie de l’agglomération (ce qui n'est pas le cas à Pompéi) mais préservèrent, jusqu'à en améliorer l'état de conservation, d'autres matériaux comme le bois par exemple. Les fouilles commencèrent en 1738 sous le roi Charles de Bourbon. Des puits et des galeries furent tout d'abord creusés qui permirent de retrouver des objets divers, des peintures, des sculptures et des inscriptions; ce n'est que plus tard que les fouilles furent entreprises en plein air permettant ainsi la mise au jour partielle des structures de la ville, encore ensevelie en partie dans le sous-sol de la ville moderne.
L'aménagement urbain de l'agglomération était constitué d'une série de ruelles se coupant à angle droit, flanquées de part et d'autre de constructions de forme généralement rectangulaire, parfois réunies en complexes immobiliers. Peu avant la destruction, de somptueuses villas furent érigées à
Herculanum (comparables à celles qui ont été mises au jour dans le voisinage et dont la célèbre Villa des Papyrus, où l'on a retrouvé près de deux mille papyrus traitant de sujets essentiellement philosophiques, est un exemple) le long du mur d'enceinte extérieur au sud de la ville; au-dehors avaient pris place une aire sacrée, un complexe thermal et d'autres édifices.
Le long des rues dallées de pierres du Vésuve et de pierres calcaires se trouvent différents édifices publics (le théâtre monumental, l'imposante Basilique, le temple de Mater Deum, le complexe thermal) et particuliers, qui diffèrent assez les uns des autres et dont l'agencement et l'architecture ne rappellent pas ceux que l'on a retrouvés à Pompéi. Parmi ces derniers, l'on distingue les maisons "à claie" caractérisées par une cour centrale, sur laquelle donnent plusieurs appartements en location ainsi que les maisons à atrium en style antérieur à l'époque romaine.
Un nombre important de constructions était destiné aux boutiques et aux petits ateliers artisanaux. Il convient de prêter une attention particulière aux remarquables villas, érigées à l'ombre du mur d'enceinte, où la disposition des différentes pièces est extrêmement originale. Parmi les édifices les plus beaux qui ont été mis au jour à
Herculanum figurent certainement la
Maison de Neptune et Amphitrite décorée de superbes mosaïques, la
Maison de l'Atrium en Mosaïque, la
Maison d'Argos, la
Maison à la Belle Cour, la
Maison du Mobilier carbonisé (qui livre un précieux témoignage sur le mobilier ancien que la boue desséchée a permis de conserver), la
Maison des Cerfs (qui doit son nom à deux groupes de sculptures très dynamiques représentant justement des cerfs).
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