Il tempio sorge lungo il lato est di via Duomo, in una piazzetta contornata da portici. Secondo la Cronaca di Partenope, risalente al XIV secolo, qui sorse l'oratorio di Santa Maria del Principio dove Aspreno, il primo vescovo della città, decise di insediare l'episcopato di Napoli. A partire dal IV secolo nacquero diversi edifici di culto nell'insula episcopale e tra queste si ricordano la Basilica di Santa Restituta, il Battistero di San Giovanni in Fonte e diverse cappelle annesse come quella di San Lorenzo, Sant'Andrea e Santo Stefano. Durante il secondo conflitto mondiale, i bombardamenti alleati danneggiarono le strutture e pertanto, tra il 1969 e il 1972, vennero effettuati restauri e consolidamenti strutturali all'intero edificio; durante gli scavi vennero portati alla luce resti archeologici romani, greci e altomedioevali che oggi sono raccolti negli Scavi archeologici del Duomo. Uno dei più recenti restauri è stato apportato al Succorpo e ha permesso il recupero del cassettonato marmoreo del Cinquecento.
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